Tesista: Milton “Romario” Rodríguez Zambrano

Titulo de la tesis: Un Algoritmo Genético para ensamble de secuencias de ADN

Director de la tesis: Dr. Carlos Alberto Brizuela Rodríguez

Descripción de la tesis: Brevemente, el problema del ensamble de secuencias consiste en lo siguiente: Se tiene como entrada un conjunto de segmentos de ADN que han sido extraidos (mediante shotgun) de varias copias de la cadena que se desea secuenciar, el enfoque para resolver el problema consta de tres etapas:

1.- Etapa de traslapes, se asume que dos segmentos pueden tener una región de ADN en común, es decir, traslapan, porque lo que suponemos que ambos fragmentos provienen de la misma región de la cadena original. La única información disponible son los fragmentos y el cálculo del taslape, he aqui el primer punto importante, el criterio para calcular el traslape, puesto que pueden presentarse varios tipos de errores en esos fragmentos.

2.- Con la información de los traslapes se desea encontrar una permutación de fragmentos de tal manera que pueda recuperarse la cadena original de la cual fueron extraidos; dada la naturaleza del procedimiento de extracción de fragmentos, pueden existir regiones de la cadena original que no puedan ser cubiertas, es decir, pueden haber huecos, lo que hace que la solución sea presentada en varias partes (contigs).

3.- Es llamada etapa de consenso, se busca presentar la mejor solución posible.

Existen varios enfoques, el anterior descrito es del “traslape”, y es el que estamos aplicando, y es en la fase 2, en donde aplicamos un algoritmo genético

E-mail: milton@cicese.mx